Båtens operatör Harold Biglete och dess kapten Joel Anggana har nu fått en kallelse av den filippinska kustbevakningen.
De skulle förhöras om varför de inte väntade på kanadensisk dykning instruktör Matthew Latrance, 40, och den amerikanska dykaren Sway Rawla, 31, för att återuppstå från sitt eftermiddagsdyk.
Dykarna var baserade på en semesterort i Dumaguete, Negros Oriental, och hade hyrt pumpbåten – en motordriven stödben som ofta används i Filippinerna för att fiska eller transportera passagerare – för att få dem att dyka utanför Apo Island.
Enligt en rapport i Inquirer hade de lämnat instruktioner om att båten skulle vänta på platsen medan de dök eftersom de "bara skulle vara borta i ett par timmar" - en indikation, om korrekt, att de antingen genomförde en mycket grunt dyk eller använda rebreathers.
När de dök upp igen för att hitta båten borta rapporterades dykarna ha drivit fram till runt 10.30 på natten, då de lyckades fånga lastfartygets uppmärksamhet Fortune guld genom att blåsa i deras visselpipor.
De hämtades och lämnades tillbaka vid Dumaguete strax efter midnatt.