Genom resortens engagemang för revbevarande är Wakatobis korallrev bland de hälsosammaste i världen.
Världen har äntligen vaknat till insikten att haven inte är dumpningsplatser.
Och medan vissa kräver plastförbud och statliga bestämmelser, konfronterar ett växande antal organisationer och samhällen fråga gå vidare genom att organisera projekt för minskning av avfall, återvinning och sanering på lokal nivå.
Wakatobi har inte bara förstått detta koncept sedan de öppnade dörrarna 1995, det är en del av dess genetiska sammansättning.
För mer än tjugofem år sedan etablerade Wakatobis grundare, Lorenz Mäder, ett samhällsbaserat bevarandeprogram som ger proaktivt skydd för cirka 20 kilometer korallrev och många sociala fördelar för de lokala byarna.
Detta initiativ har hjälpt till att återställa och underhålla dessa rev i nästan orörda skick genom att eliminera destruktiva fiskemetoder, ankarskador och andra mänskliga effekter. Och dessa ansträngningar stannar inte vid vattenlinjen.
Lorenz och teamet på Wakatobi är engagerade inte bara i att skydda reven, utan för att hålla vatten, stränder och öar fria från skräp och avfall genom en mängd lokala engagerande praktiska projekt via sina Wakatobi Collaborative Reef Conservation Program.
Allt detta börjar på resorten. Wakatobi har etablerat en egen återvinningsstation och arbetar aktivt för att minska användningen av engångsartiklar av plast i alla faser av resortens drift.
Gästerna använder återanvändbara vattenbehållare av aluminium för att eliminera användningen av plast.
För att bekämpa problemet med plastavfall som bärs av havsströmmar engagerar personalen sig i pågående insatser för att avlägsna skräp.
Ibland upp till fyra gånger om dagen städar Wakatobi-teamet en kilometer (eller mer) av den omgivande stranden och tar bort plast och annat skräp som kan skölja iland.
Dykteamet samlar in allt skräp och skräp som kan hittas på reven medan andra teammedlemmar som driver taxibåtar eller andra uppgifter som hjälper snorklare och dykare gör liknande ansträngningar för att hålla de grunda revtopparna rena.
Wakatobis åtaganden för miljöskydd och sanering går långt utanför resortens gränser. Anläggningen sponsrar veckovis städning av byar som involverar upp till 100 lokalbefolkning och arbetar nära med samhällen och regeringar i frågorna om avfallshantering.
Wakatobi tillhandahåller soptunnor, organiserar sophämtningsfordon och sponsrar ytterligare avfallslagrings- och borttagningsmedier för den intilliggande ön Tomia.
För att öka den lokala medvetenheten om problemen och främja hållbara metoder, betalar resorten ett team av välrespekterade samhällsledare och inflytelserika individer.
Dessa talespersoner använder sin sociala status inom samhället för att öka allmänhetens medvetenhet om frågorna om revbevarande och avfallshantering på Tomia där Wakatobi landningsbanan ligger.
Lorenz och hela Wakatobi-teamet är fortfarande personligt engagerade i frågorna om avfallshantering och vattenkvalitet.
"I min frivilliga funktion som ekoturismkonsult har jag haft otaliga diskussioner med ministrar, guvernörer och andra högt uppsatta politiker och beslutsfattare", säger han. "Jag uppmanar dem alltid att förbättra den rikstäckande avfallshanteringen på land och på båtar."
När kustsamhällen runt om i världen i allt högre grad kommer överens med det akuta behovet av mer ansvarsfulla metoder för avfallshantering, och det lika viktiga behovet av kontroll och avlägsnande av skräp som redan förorenar våra hav, kommer samhällsbaserade program som de som initierats av Wakatobi Dive Resort kan dyka upp som en för de bästa lösningarna på fråga.